Ма Дуаньлинь родился в семье южносунского чиновника Ма Тинлуаня, отлично прошедшего высшие государственные экзамены и в годы Сяньхэн ставшего правым премьер-министром. Ма Тинлуань составил обширную коллекцию исторических документов, но сам не имел возможности заняться трудом историка. Ма Дуаньлинь учился у Цао Цзина, последователя Чжу Си, и испытал его сильное влияние. В результате придворных интриг его отец вынужден был покинуть двор и вернуться в родную деревню, и Ма Дуаньлинь посвятил себя помощи отцу. В это время под ударами войск династии Юань в 1279 году пала Южная Сун. После смерти отца по настоятельным приглашениям юаньского двора Ма Дуаньлинь покинул деревню и посвятил себя государственной деятельности, последовательно занимая различные академические посты. В 1322 году он подал в отставку по возрасту и вернулся домой.

«Вэньсянь Тункао» (文献通考), главный труд Ма Дуаньлиня в 348 томах, он начал составлять в 1273 и закончил в 1317 году. Ма Дуаньлинь стремился объединить в своей энциклопедии все законы и указы предыдущих династий, избавив от ошибок и противоречий. Основой и образцом для неё послужила двухсоттомная танская энциклопедия Тундянь. Он также использовал множество других источников (в чём ему очень помогла коллекция и личная помощь отца). Она охватывает государственный опыт Китая до кончины южносунского императора Нин-цзуна в 1224 году. Цитируемые тексты он дополнил обширными собственными комментариями. Энциклопедия имеет 24 важнейших раздела, среди них о земельном налогообложении, населении и регистрации жителей, государственных монополиях и торговле, экзаменации и назначениях на должности, администрировании, армии, образовании, денежном обращении и т. д. Раздел «О других странах» оригинален и неоднократно привлекал внимание западных учёных.

Энциклопедия неоднократно переиздавалась, выделяются переиздания с дополнениями в 1370, 1747 и 1921 годах. Она стала одной из «трёх энциклопедий» (Саньтун) и часто издавалась вместе с двумя другими, Тундянь и Тунчжи Чжэна Цяо. Иногда в тройку энциклопедий государственности выделяют другую комбинацию, «Вэньсянь Тункао», «Тундянь» и «Цзычжи Тунцзянь» Сыма Цяня.

Из официальных исторических хроник Ма Дуаньлинь не удостоился статьи ни в Сун-ши, ни в Юань-ши, и встречается только в Синь-юань-ши, Новой Истории Юань, изданной Кэ Шаоминем в 1920 году.