В 1933 году, когда китайское центральное правительство перестало существовать в Восточном Туркестане, было образовано государство, которое получило название Республика Уйгуристан или также использовалась другое название - Исламская республика Восточного Туркестана. Хотя и государство просуществовало всего менее одного года, оно уже имело свой собственный флаг треугольной формы, на котором была изображена звезда с полумесяцем. Кроме того, в государстве также были выпущены монеты с национальными символами.

Новый флаг Восточного Туркестана, был официально принят 12 ноября 1933 года. Инициатором до принятия флага стало правительство Восточно-Туркестанской Исламской республики. В то время, один и тот же флаг был национальным символом и Восточно-Туркестанской республики. Флаг представляет собой флаг Турции, но вместо красного цвета у флага уйгуров - голубой.

Полумесяц со звездой являются символами Ислама. Пятиконечная белая звезда символизирует пять пальцев на руке, что означает «Единство. Стоит отметить, что название народности уйгур в переводе означает «согласившийся примкнуть, объединиться». В свою очередь, синий фон флага является символом неба. Автором флага выступил первый премьер-министр Тюркской Исламской Республики Восточный Туркестан Сабит Дамулла Абдулбаки. На сегодняшний день, флаг используется уйгурами как символ национально-освободительного движения.